1956年四川农学院由四川大学独立迁至雅安建院，从四川大学数、理、化、生等基础学科抽调部分骨干教师，并接收了一批全国重点大学优秀毕业生，组建数学、物理、无机及分析化学、有机与生物化学、植物学、动物学等教研室，1960年成立了原子能农业应用研究室（101研究室）。这些教研室最初分别隶属于四川农学院农化系、农学系和牧医系，1983年底上述教研室从各系分离出来成立四川农学院基础部。1985年四川农学院更名为四川农业大学，2003年初在原基础部的理学学科基础上组建了四川农业大学生命科学与理学院。
理学院于2014年3月5日由原生命科学与理学院拆分建立而成。目前设有党委办公室、行政办公室、信息与计算科学系、化学生物学系、应用化学系、应用物理系和成都校区教学部。有生物资源化学二级学科博士、硕士学位授权点和生物与医药专业硕士学位点。学院现有教职工84人，其中专任教师68人；教授15人，副教授36人；具有博士学位的教师39人，硕士学位的教师33人；博导6人、硕导30人；省学术与技术带头人1人，省学术与技术带头人后备人选2人；四川省优秀教师1人，四川省师德标兵1人，校教学名师1人，获本科课堂教学质量特等奖教师5人，留学美国、日本、加拿大、新加坡等国教师17人。有在校全日制研究生和本科生1844人，其中博士、硕士研究生135人，本科生1688人。学院的优势学科——化学于2022年进入ESI全球排名前1%，是全校9个进入此排名的学科之一。
学院承担着全校数、理、化学科基础课和化学生物学、应用化学、信息与计算科学3个专业的专业课教学任务，现有省级一流本科专业1个（化学生物学），省级一流课程5门（有机化学实验、运筹学、大学物理、乙酰苯胺的合成及表征虚拟仿真实验、无机及分析化学）；设有四川省科技厅基础条件平台“特色药用植物四川省科技资源共享服务平台”和四川省发展和改革委员会工程研究中心“四川省中药材育繁技术工程研究中心”各1个，校级实验教学示范中心和虚拟仿真实验教学中心、校级数学建模指导中心各1个，此外，学院还设有公共实验平台、化学与农业协同创新中心以更好地支撑教育科研工作的发展和学生成长成才。
2014年以来，学院承担国家、省部级及横向合作科研课题60余项；授权专利110多项；主编、副主编数、理、化国家级和省部级规划教材13部；获省科技进步二等奖1项，发表SCI收录论文300多篇，IF大于10分 35 篇，最高IF=18.027，包括中科院一区及TOP论文200余篇，ESI高被引论文15篇。
“追求真理，学以致用”。学院始终坚持以学生为本，不断推进本科人才培养模式改革，以培养学术型、应用型和复合型高素质人才为目标，高度重视学生综合素质和能力的培养，培养了众多理论基础扎实、实践应用能力强的优秀毕业生。2014年以来，以我院本科生为第一作者、导师为通讯作者在国内外重要学术刊物上发表SCI收录论文40余篇，其最高影响因子达10.618；本科学生申报获准国家级“大学生创新训练计划”项目25项、省级23项。学院导师指导本科生在国际大学生数学建模和全国及省级数学建模竞赛、“挑战杯”比赛中屡获佳绩。
学院以“教学立院，科研兴院”为工作理念，围绕“稳基础、强专业、倡科研、承文化”的思路，以人才培养为中心，加强师资队伍和学科专业建设，稳定提升基础课教学质量，不断提高人才培养、科学研究和社会服务能力，努力建设成数理化各学科协调发展、专业特色突出的学院，为学校的蓬勃发展和高层次人才培养做出贡献！
